Во время загрузки компьютера запускается проверка дисков CheckDisk. Даже после того, как все диски проверены и ошибок не обнаружено, при следующем сеансе все повторяется вновь. Проверил на вирусы, нашло несколько "троянов", но после их удаления все повторяется - проверяет диски перед каждой загрузкой ОС. "Операционка" - Windows XP SP3.
То, что вы проверились на трояны - правильно. Но и после их удаления остаются некоторые изменения реестра, вызывающие проверку дисков даже тогда, когда они в этом не нуждаются.
Если вы не хотите переустановить ОС и уверены в целостности дисков, можно сделать так: заходим в реестр и по пути HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager задаем нулевой параметр DWORD с именем AutoChkTimeOut. Потом в двоичном коде (правой кнопкой) открываем параметр BootExecute и забиваем его нулями.
Иван КОВАЛЕВ

Комментарии
В данном случае я бы предположил, что все дело в установленном dirty bit для какого-то из дисков.
Проверить это: fsutil dirty query X: (где X - буква диска)
Снять бит: fsutil dirty set X: